戒坛之后，就是有“百宝楼”之称的藏经阁。这里原来是法堂，是元代至元二十二年（公元 1285年），僧录刘鉴义建造的。元、明时期已经过多次重修，至民国十四年（公元1925年）圆瑛和尚改建为水泥仿木结构的二层楼阁。楼下现为寺僧念经礼佛处，上层收藏各种版本经书3700多卷。五代时的开闽王王审知身居 王位，独霸闽疆，纯属机缘偶然，因此他当了闽王后，就与佛结缘，起大信心，立大誓愿，皈心受持，以求心理平衡。他先后舍钱百万缗造大殿等建筑，并搜集一万两黄金白银，研细为泥，请开元寺义英法师写了两部金银《大藏经》，现二楼还保存有残页。另外还有元朝如照法师刺血写成的《法华经》以及泰米尔文的贝叶经。它们是我国珍贵的佛学典籍。除此之外，藏经阁还保存有从盛唐至民国的历代文物。其中各代玉、铜、瓷、木质的大小佛像、菩萨、罗汉、天王、神将等32尊。明代大书法家张瑞图及现代高僧弘一法师等名家的字迹和木板楹联也珍藏在这里。一楼大厅里还收藏有12口南宋以来的方钟，其中特别有价值的是清道光十七年（公元1837年），“鹿港郊公置”的铁钟，钟上铸有与泉州通商的鹿港郊46家商号的铭文，是研究台湾与泉州经济史的很有价值的资料。
藏经阁
