南京古生物博物馆的建设旨在展示化石的奥秘和古生物的多样性，再现生物进化及其与环境协同演化的历史，揭示生物进化过程中的重大事件，显示中国古生物学的重大发现和研究成果，同时启发和增进公众对自然历史和生命进化的兴趣和认识。是一个集展览、收藏、研究和教育于一体的现代化博物馆。博物馆展览将兼有科学性、知识性、观赏性和趣味性，吸引国内外同行和观众，成为一个引人入胜的科学旅游景点和广大青少年喜爱的科普教育基地。研究所经过几代古生物学家的艰苦努力和卓越贡献，涌现了以澄江动物群研究为代表的一大批具有世界先进水平的研究成果，积累了非常丰富的古生物化石。
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