公路
离南麂岛最近的陆上口岸是平阳县的鳌江镇。温州牛山北路客运中心至鳌江有快客(车内有空调彩电,开车时间不定,坐满发车,一般15分钟左右一班,票价20元/人)。从温州南上高速从平阳县城下高速然后走104国道至鳌江,全程行车50分钟左右。鳌江是浙南商业重镇,有开往省内各大城市以及上海、江苏、安徽、福建、广东等地的始发班车。
水路
鳌江至南麂来回,旺季几乎白天每小时都有快艇,约行1.5小时,99元/人,淡季一天一班快艇,99元/人,每天上午10点左右开,船靠鳌江江滨路码头,电话:0577-63653991
南麂至瑞安,旺季每天每小时都有快艇,淡季每周六上午9点开船,船靠瑞安港沿海客运站,电话:0577-65613916