马蹄殿殿中有马蹄印而得名。是北寺比较重要的石窟之一，窟平面近方形，窟内有中心方柱。石窟进深10米，宽10米，高3米，中心方柱前上下开凿圆拱形龛，有两排坐佛像，上龛中三世佛。即：过去佛即燃灯佛、现在施加牟尼佛、未来佛弥勒佛。下龛有宗喀巴师徒三人的坐佛。中心柱回廊四周，边墙供台上塑有藏传佛教十六贤尊者，四大天王众佛像。殿中的石块上有一马蹄迹，清晰可见，像真的马蹄印，但又大于一般的马蹄迹。
马蹄殿
马蹄印的形成有不同的说法，一种说是神马蹄迹，有一次法显到临松峡谷马蹄寺，一天上午，满天彩霞，忽见一匹神马从北向东飞来，到寺院上空徘徊多次，被这神奇的地方吸引住，便落到一块青石上，莅临这佛教圣地。后来在青石上留下——马蹄迹，这就是神马蹄迹的说法；也有说是格萨尔王坐骑的蹄迹，格萨尔王从《霍岭大战》凯旋归来，在千佛洞前去检验大军，抑制不住其烈性，奋蹄疾驰，格萨尔忽然仅勒马嚼杈，战马因用力过猛，一只前蹄踏在一块青石板上，才站稳身子，便留下了马蹄印。马蹄殿门口下方的石崖上至今还留有不少格萨尔拴马的小石孔，五十年代，这些石孔前还有一个格萨尔喂过的马槽，还有栓有马的1米多高的铁橛，当你见到这些情景，不得不相信马蹄殿中的“神骥足”就是格萨尔王的“天马行空，独往独来”，德马蹄印迹。这又是马蹄寺名称由来的一种说法。
