三元信仰源远流长,早在1600年多年前东晋时代,干宝的《搜神记》上便载有东海人陈光蕊,生了三个儿子,得道升仙。分管天、地、水三界的记叙。明代苏北鲁南三元信仰非常兴旺,万历十五年(1587年)淮安人谢淳破家扩建三元宫,奠定了三元宫建筑群的基础。《西游记》的作者更是三元的坚定信仰者,书中说唐僧是东海陈光蕊的儿子,这庙里的三元也就是唐僧的骨肉兄弟了。近年三元宫易名海宁禅寺,改塑释迦牟尼佛,三元圣像已移至东配殿。
三元宫