博物馆的规划建设工作本着“高起点规划、高水平设计、高标准保护、高效率建设”的宗旨，邀请国内名家和权威机构，开展了一系列设计工作，其中博物馆建筑设计由中国建筑设计研究院崔恺建筑设计工作室负责，博物馆展陈设计由复旦大学文博系教授、博士生导师陆建松负责，博物馆周边景观设计由中国建筑设计研究院景观所负责，丘承墩本体保护设计由南京博物院负责。在充分尊重原有地形、地貌的基础上，采用泥墙、草顶、坡面等简朴造型，使博物馆与环境融为一体；突出了遗址的平面形象，使墓制、形制等历史信息得到充分展示，从而突出了本体保护和展示；整个设计平面像一把弓箭，象征吴越争霸历史，及吴地人文独特的进取心和力量；设计风格简洁大气，同时极具亲和力。个建筑群体，挂设“鸿山遗址博物馆”和“中国吴文化博物馆”；突出“鸿山遗址出土文物展示”、“吴文化主题展示”、“丘承墩原址展示”三个展示主题；附设临时展厅、公共活动区、行政与库房、设备机房四个辅助区。博物馆总建筑面积9139平方米，其中吴文化展馆1655平方米、鸿山遗址出土文物展馆1345平方米、丘承墩原址保护特别展厅1193平方米。
