人文初祖大殿是祭祀轩辕黄帝的正殿,在庙院最北边。重建于明朝,后代屡有修缮之举。占地282平方米,面阔七间,进深三间。正殿门楣上悬挂有原国民党爱国将领程潜于1938年祭陵时所题“人文初祖”大匾,字体铁画银勾,刚中藏秀。大殿屋顶为歇山顶,雕透花脊,屋面由灰布板与筒瓦相扣覆盖,檐部施勾头滴水,前檐及其他三面均有斗拱。前檐当间建有六扇隔扇门,次间、稍间则各有四扇隔扇门。檐下的栏额、平板枋为和玺彩绘、斗拱彩绘,两侧与两侧背面、内梁等处的彩绘,均精致华丽,绚烂无比。
人文初祖大殿