外部交通
公路
离南麂岛最近的陆上口岸是平阳县的鳌江镇。温州牛山北路客运中心至鳌江有快客（车内有空调彩电，开车时间不定，坐满发车，票价17元/人）。温（州）福（州）高速公路正在修建中，现在走的是104国道，56公里，双车道，沿线常堵车，特别是瑞安至鳌江段开开停停，全程行车2小时以上。鳌江是浙南商业重镇，有开往省内各大城市以及上海、江苏﹑安徽﹑福建﹑广东等地的始发班车。
水路
鳌江至南麂，高速船每天2班，7：30，13：30开船，约行1.5小时，50元/人，交通船每天1班，14：00开船，约行2.5小时，27.50元/人。南麂至鳌江，高速船每天2班，11：30，15：30开，交通船每天1班，12：00开。旺季还会临时增加交通船，交通船是客货两用船，除客运外，还负担南麂岛物资的对外运输。船靠鳌江第4码头，电话：0577-3653991
南麂至瑞安，高速船每天1班，13：30开，船靠瑞安港沿海客运站，电话：0577-5622468
温州至南麂岛的快速船在夏季（7-8月）才会有，船靠温州望江码头。温州7：30开，南麂11：30返，2.5小时航程，票价120元。电话：0577-88222079
旺季时船票相对紧张，可通过岛上宾馆代购回程船票。
内部交通
岛上各景点间无班车，只有搭宾馆的中巴或包出租车（桑塔纳），只需告诉宾馆你要去的景点，来回都由宾馆负责，不另外加收费用。
